汉光武一生戎马十余年，多次亲冒矢石南征北讨，才有了日后的东汉近两百年的基业。对于这样的马上天子来说，对自己及其自信，只有别人讨好他的份，没有他去将就别人的份。与郭氏相反的是，阴丽华“恭俭，少嗜玩，不喜笑谑”，这样的女人明显更能讨一个权威天子的欢心。身为开国皇帝的刘秀也决不允许任何女人挑战他作为天子的威严。终于，刘秀以皇帝的名义颁下诏曰：
“皇后怀执怨怼，数违教令，不能抚循它子，训长异室。宫闱之内，若见鹰鹯。既无《关雎》之德，而有吕、霍之风，岂可托以幼孤，恭承明祀。今遣大司徒涉、宗正吉持节，其上皇后玺绶。阴贵人乡里良家，归自微贱。‘自我不见，于今三年。’宜奉宗庙，为天下母。主者详案旧典，时上尊号。异常之事，非国休福，不得上寿称庆。”
事已至此，一切都不能挽回了。郭皇后交出了皇后的玺绶，黯然的离开了相伴十六年之久的洛阳南宫宫殿，然后移居北宫。在这巍巍宫殿之中，她为刘秀生下了五位皇子，她一生的青春时光也在这宫阙楼阁之中流过，然终不能挽留帝王之心，不禁让后世的不少史家们感叹不已，清末民初的史学大家蔡东藩则在《后汉演义》郭后被废之章节结束后的评论性段落中感慨道：“光武帝能容功臣，独不能容一妻子，废后之举，全出私意，史家多讥其不情。”蔡东藩此言，也代表了部分史学家的看法，诸如范晔、王夫之等等。
郭氏无大过被废，民间舆论普遍对她持同情的态度。刘秀内心也觉得不安，对郭氏三人封侯，以对郭氏17年的辛劳进行补偿。郭氏的从兄郭竟，被封为新郪侯，官至东海相。郭竟的弟弟郭匡为发干侯，官至太中大夫。郭皇后叔父郭梁，早终，无子。其婿南阳陈茂，以恩泽封南侯。光武帝数幸郭氏的弟弟郭况的家，会公卿诸侯亲家饮燕，赏赐金钱缣帛，丰盛莫比，京师号况家为金穴。
纵观中国历史上的废后，大多被囚入冷宫或暴室，被残酷处死者也不在少数。而刘秀却做了一个让所有人都出乎预料的决定，郭圣通被封为了“中山王太后”，这在中国历史上可以说是罕见甚至没有的，一般来说，只有皇帝驾崩了，藩王的母亲才能被尊为“王太后”。现在建武皇帝(刘秀年号“建武”)尚在，郭圣通就已经成为“太后”了。也可以看出刘秀念旧情，处事厚道的个性。
两年之后，即建武十九年，一直因郭后被废而“戚戚不自安”的太子刘疆再次请辞太子位，刘秀也认为“立子以贵”，既然刘疆已非皇后之子，承继大统确实于理不合，遂准允了太子的请求。刘疆辞去太子之位以后，皇后阴丽华的长子刘阳(后改名刘庄)被册封为太子，刘疆改封东海恭王。对于这个结果，郭圣通应该不会感到太吃惊，她毕竟做了十六年的皇后，对宫廷中的政治规则是很清楚的，废后的儿子是不可能承继大统的，否则就是对现任皇后的一种变相谋杀！
建武二十六年，郭圣通的母亲郭主去世，光武帝亲临丧送葬，百官大会，遣使者迎昌丧柩，与主合葬，追赠昌阳安侯印绶，谥曰思侯。
二年之后，郭圣通也在洛阳北宫走完了她最后的人生之路，以“王太后”的身份葬于了洛阳近郊的邙山。邙山，位于洛阳近郊，是东汉历代皇室贵族的安葬之地，东汉世祖武帝刘秀和光烈皇后阴丽华的原陵就在邙山，郭圣通死后虽不能入皇陵，但也并没有离开刘秀太远。历史上没有记载郭后生于何年，推算的话，十六年的皇后，十一年的贬黜，再加上古人女子婚嫁的大致年龄，郭圣通亡故的时候应该是四十多岁。
依照东汉的制度，废后是没有谥号的，故后世史学家都用她丈夫的谥号来称呼她，所以郭圣通被俗称为“光武郭皇后”。